Das Museum ist seit 1989 in einem ehemaligen Kaufhaus untergebracht. Unterteilt in 29 Teilbereiche wird hier die 1200 Jahre lange Geschichte Münsters nachgezeichnet. Münster geht in seinen Anfängen auf eine befestigte Domburg zurück. In der Geschichte der Religionen markieren die Wiedertäufer den Umbruch vom Mittelalter zur Neuzeit. Der Reiterharnisch Jan van Leidens und Nachbauten der Wiedertäufer-Körbe, in welchem man selbigen öffentlich verhungern ließ, sind Teil der Dauerausstellung. Nach dem Fall der Wiedertäufer wurde Münster rein katholisch. Von den Zerstörungen des 30jährigen Krieges blieb Münster dank seiner Befestigungen verschont. 1643/44 wurde es neutral und 1648 wurde hier der 30jährige Krieg offiziell beendet. Münster teilte 1806 das Schicksal Salzburgs als Fürstbistum, es verlor im Zuge der Aufhebung des Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation seine Eigenständigkeit und wurde preußisch. Erwähnenswert ist, dass sich die Ausstellungen des Museums der eigenen Vergangenheit stellen, auch jener als Gauhauptstadt und sich mit ihr kritisch auseinander setzen. Erinnerungen an den Münsteraner Jahrmarkt und seinen Wandel ab den 1950iger Jahren vom Verkaufs- zum Vergnügungsmarkt runden die sehenswerte Schau ab.
