Mit der Eröffnung des neuen Naturmuseums der Stadt Augsburg im Jahr 1991 wurde in Bayern ein modernes und von seiner Konzeption neuartiges Naturmuseum für die Öffentlichkeit zugänglich. Es war das erste Mal, dass die Molasse, der Untergrund von Augsburg und großen Teilen Süddeutschlands, den Schwerpunkt eines Museums bildete (unter Molasse sind alle Ablagerungen wie Tone und Schotter zu verstehen, die vor Jahrmillionen von den Alpen geschüttet wurden und bis zu 1000 m mächtige Sedimentpakete zwischen Alb und Alpen ergaben). Die in diesen Sedimenten fossil überlieferten Lebewesen - meist viele Millionen Jahre alt – bilden die Grundlage für die einmalige Molasse-Ausstellung. Um unseren Besuchern die meist unvollständigen Fossilfunde anschaulich darzustellen, wurde den Fossilien, soweit möglich, ein adäquates Lebewesen aus unserer Zeitepoche zum Vergleich gegenübergestellt.
Das Naturmuseum hat jedoch noch weit mehr zu bieten. Die zahlreichen Schauvitrinen der Dauerausstellung sind zu verschiedenen Themen aus den Bereichen Geologie, Paläontologie, Mineralogie und Biologie gestaltet worden, wobei die Information für den Besucher im Vordergrund steht.
So sind z.B. zu bestaunen: Dioramen - in Vitrinen nachgebaute Lebensräumen mit der jeweils typischen Tierwelt, eine große Mineralienschau (die Minerale werden erklärt, beschrieben, in der Kristallform gezeigt oder in ihrer Vielfalt dargestellt), einen erdgeschichtlichen Ausstellungsbereich und eine themenorientierte zoologische Abteilung.
In neu gestalteten Vivarien werden exotische Lebewesen und „lebende Fossilien“ gezeigt.
Als Besonderheiten bei den Fossilien können wir Ihnen neben vielen weiteren Objekten zeigen: Bundenbach-Fische und Seelilien, ein Mesosaurus-Skelett, einen Flugsaurier aus Solnhofen, Krabben aus Italien, ein sardisches Ur-Hasenskelett, ein Seepferdchen aus dem Tertiär, einen Skorpion aus der Kreide, einen fossilen Frosch mit Hauterhaltung aus dem Miozän, Palmen und weitere Pflanzen-funde von verschiedenen, weltweiten Fundorten, sowie Schildkröten aus dem Jungtertiär. Sehenswert sind zudem fossile Vogelfährten und –Eier aus dem Nördlinger Ries, Ginkgo-Blätter und versteinerte Insekten in Gips (wie in Bernstein) sowie ein spektakulärer Fund eines Primaten-Kiefers aus der Umgebung von Augsburg.
Von 1905 bis 1944 befand es sich im Stettenhaus am Obstmarkt, das durch Bomben völlig zerstört wurde. Der Naturforschenden Gesellschaft in Augsburg, als auch der Stadt Augsburg ist es zu danken, daß das Museum 1964 im Fuggerhaus wieder eröffnet werden konnte. Die angewachsenen Bestände machten 1988 den Umzug in ein größeres Gebäude notwendig, der 1995 abgeschlossen werden konnte. Es gliedert sich in eine paläontologische Abteilung, Biotope und Ökologie der Region, Fossilien und Mineralsammlungen sowie die Behandlung internationaler Themen wie Farbbedeutung, Gifte und Symbiosen sowie sehr umfangreiche Spezialsammlungen von Insekten (Schmetterlinge Schwabens, Netzflügler Europas), Schnecken und Muscheln (fossil und rezent), Vögeln und Samenpflanzen (jungtertiäre Floren Süddeutschlands) sowie ein Planetarium runden die Schau ab.