Das in der malerischen Altstadt von Schaffhausen gelegene Museum zu Allerheiligen vereinigt Archäologie, Geschichte und Kunst sowie Naturkunde unter einem Dach. Mit seinen umfangreichen Dauerausstellungen und jährlich mehreren Wechselausstellungen beleuchtet es auf attraktive und verständliche Weise eine grosse Vielfalt an Themen. Interdisziplinäre Sonderausstellungen regen an zur Auseinandersetzung mit aktuellen kultur- und naturwissenschaftlichen Fragen.
Ein grosser Teil des Museums ist in den Räumlichkeiten des ehemaligen Benediktinerklosters Allerheiligen untergebracht. Wie das früher hier ansässige Kloster ist das Museum Ort des Wissens, der Kultur und der Begegnung. Mit dem Namen "Museum zu Allerheiligen" wird auf die Universalität des mittelalterlichen Klosters Bezug genommen und die Vielfalt der hier vertretenen Wissenszweige zum Ausdruck gebracht.
Ort und Architektur, die 1000 Jahre Baugeschichte vermitteln, bilden einen inhaltlichen Bestandteil des Museums. Zur Gesamtanlage gehören auch das imposante Münster, der idyllische Kräutergarten sowie der grösste frei zugängliche Kreuzgang der Schweiz. Der Museumsbesuch geschieht daher immer in einer ganz besonderen Atmosphäre.