Der nach der politischen Wende folgende Demokratisierungsprozess forderte für Neuorientierung und Konsolidierung einige Zeit. Vordringlichste Aufgabe war es nun, die gravierenden Lücken der Sammlungsbestände aufzudecken und zu schließen. So ist es in den 90er Jahren vor allem gelungen, mit wichtigen Werken von Pechstein und Bleyl die Sammlung der „modernen Klassiker“ zu ergänzen. Aber auch überregional arbeitende, in Zwickau geborene Künstler wie Rosa Loy, Hartwig und Wolfram Ebersbach galt es für die Sammlung zu gewinnen. Die Erwerbung einer 10.000 Blätter umfassenden Privatsammlung im Jahr 1996 mehrten den Bestand der grafischen Sammlung. Durch die Vergabe des Pechstein-Preises ist es möglich, Werke der Preisträger wie Carlfriedrich Claus, Alfred Hrdlicka oder Arno Rink für die Sammlung zu erwerben, die junge Kunst hält Einzug in Form der Pechstein-Förderpreisträger.
Bis heute hat sich die Einheit von Museums- und Bibliotheksbau erhalten, wenn sich auch der Schwerpunkt der musealen Sammlungen nach dem Umzug der stadtgeschichtlichen Abteilung in den Museumskomplex „Priesterhäuser“ im Jahr 2003 zugunsten der umfangreichen Kunstsammlungen verlagert hat. In dem mittlerweile denkmalgeschützten Museumsgebäude präsentieren die Zwickauer Kunstsammlungen ihre wertvollen Bestände in ständigen und wechselnden Ausstellungen.
