Das Museum befindet sich in der ehemaligen Klosteranlage der Franziskaner aus dem 13. und 18. Jahrhundert im Stadtkern der mittelalterlichen Stadtanlage Villingens. Schon in früheren Zeiten erfüllte das Kloster auch kommunale Aufgaben, indem die Kirche als Versammlungsort des Rates und der Bürgerschaft diente. Diese kommunikative Rolle wurde durch den Ausbau zum Kulturzentrum in den Jahren 1978-1999 erneuert und erheblich erweitert. Heute finden hier nicht nur Empfänge und Tagungen statt, sondern vor allem Ausstellungen, Vorträge, Konzerte und Theater. Unterstützt wird die Stadt in diesen Aufgaben vom Förderverein Kulturzentrum Franziskaner, der auch das jährliche Museumsfest veranstaltet. Mit dem Anbau eines gläsernen Foyers 1998 gelang eine kontrastreiche Verbindung zwischen Alt und Neu. Von der Empore genießt der Besucher einen herrlichen Blick in die Stadt, im Museumscafé findet er Ruhe und Erholung.
Die Auftaktausstellungen „Mensch, Arbeit, Technik" und „Die Städtische Altertümersammlung - Nicht nur Kraut und Rüben" wecken die Neugierde auf die Dauerausstellungen des Franziskanermuseums. Schwerpunkte der in den 90er Jahren konzipierten Präsentation sind die stadtgeschichtliche Sammlung, das keltische Fürstengrab Magdalenenberg und die Schwarzwaldsammlung von Oskar Spiegelhalder.
Die Dauerausstellung zur Stadtgeschichte bis 1800 wurde nach mehrjähriger Vorbereitung im Oktober 1995 eröffnet.
Die neu konzipierten Abteilungen zur Stadtgeschichte bis heute, Schwarzwaldsammlung und keltisches Fürstengrab Magdalenenberg wurden im Februar 1999 eröffnet.
