„Flächen, Linien und Farben“ – so beschreibt Markus Bacher selbst seine Malerei. Er entwickelt seine Werke stets in einer dualistischen Vorgehensweise. Dabei baut er den zumeist monochromen Grund aus mehreren Schichten auf und verleiht ihm so eine intensive, fast flirrende Lebendigkeit. Auf den Grund setzt er die Farbe, oft pastos und reliefartig, mehrfarbig und kleinteilig.
Markus Bachers Werke oszillieren zwischen Gegenständlichkeit und Abstraktion. Figurative oder landschaftliche Assoziationen sind zwar möglich, werden aber nicht herausgefordert. Die Deutungsebenen treten hinter der malerischen Wirkung zurück.